ЭБУ двигателя не получает "сигнала", он получает поток данных по цифровой шине, и если блока на шине нет, другой блок не будет ожидать от него никаких данных.
Как и ожидалось, теория теорией, а практика много интереснее:
в теме про проблемы с АМТ некто Danila M отчитался о переходе с АМТ на меху - двигатель пускается только при подключенном (пусть и не установленном) актуаторе сцепления.
Т.е. ЭБУ двигателя таки опрашивает АМТ перед включением стартера на предмет включения нейтрали и данную ин-фу получает от актуатора.
Стало быть тупо открутить оба актуатора и прикрутить механическую начинку недостаточно для корректной переделки с АМТ на меху, нужно лезсть в программу ЭБУ движка.